In einem Lehnbrief vom 29.Mai 1395 wird in Jenalöbnitz bereits eine Kirche genannt. Aber sie bestandbestimmt schon viel früher.Über das Erscheinungsbild gibt es keinerlei Unterlagen.
Zwischen 1392 und 1406 stiftete der Jenaer Ratsmann Albrecht von Tümplingen der Kirche in Jenalöbnitz eine Glocke. Sie ist bis in die heutige Zeit erhalten geblieben.
Im Jahre 1516 stellt man Überlegungen zum Bau einer neuen an, doch durch Ausbruch des 30jährigen Krieges kam es nicht mehr dazu.
Wie in den alten Schriften zu lesen ist, wurde die Kirche durch Kriegshandlungen stark beschädigt.
Im Jahre 1666 konnten die Reparaturen beendet werden. Weitere größere Reparaturen fanden 1756 statt und die Kirche erhielt eine neue Orgel.
Im Jahre 1770 erfolgten einige An- und Umbauarbeiten.
Das heutige Erscheinungsbild des Kirchschiffes, besonders das der Südseite (Fachwerkbau), ist dem 19. Jahrhundert zuzuordnen.
Erst im Jahre 1990 wurde durch ein Notsicherungsprogramm der Chor mit einem Walmdach gesichert.
Seit dem Jahre 2004 gibt es im Ort einen Kirchbauverein. Er hat sich zum Ziel gesetzt, die Dorfkirche St. Katharina vor weiterem Verfall zu schützen, die Bausubstanz zu sanieren und den Kirchturm als ortsprägendes Bauwerk wieder aufzubauen.

Die wahrscheinlich erste Orgel in der Kirche Jenalöbnitz wurde vom Orgelbaumeister Justinus Ehrenfried Gerhardt, welcher seine Werkstatt in Lindig bei Kahla hatte, im Jahre 1756 erbaut. Sie kostete 50 Reichstaler.
Im Jahre 1851 stellte die Kirchgemeinde von Jenalöbnitz an die Kirchenispektion in Bürgel einen Antrag auf Reparatur der Orgel. Über eine Entscheidung diesbezüglich sind keinerlei Aufzeichnungen vorhanden.
Fast 40 Jahre danach 1895/96 baute Orgelbaumeister Hugo Schramm aus Bürgel das heutige Instument, eine zweimanualige Schleifladorgel.
Leider fielen die Prospektpfeifen auch diese Instrumentes der Kriegsindustrie des 1.Weltkrieges zum Opfer.
Erst im Jahre 1927 wurden neue Pfeifen durch Orgelbaumeister Schramm, aus Zink gefertigt, eingebaut.
Viele Jahre stand das Gotteshaus offen und allerlei Gegenstände wurden entwendet.
Das spätrom+antischen Werk der Orgel aber blieb wie durch ein Wunder erhalten.
Eine dringende, aber lohnende Restaurierung des Instrumentes ist erforderlich.